Кожа птиц тонкая, со слабо развитым эпидермисом, лишенная каких-либо костных образований и почти лишенная желез. Исключение составляет лишь копчиковая железа, расположенная над корнем хвоста, секрет которой служит для смазывания перьев и для придания перьевому покрову водонепроницаемости. Копчиковая железа особенно сильно развита у водоплавающих птиц. Наоборот, у некоторых наземных видов, обитающих в засушливом климате, копчиковая железа отсутствует. Таковы, например, страусы и дрофы.
Наряду с отсутствием костных образований характерно обилие разнообразных роговых образований-производных эпидермиса. Так, верхняя и нижняя челюсти в той или иной мере покрыты роговыми чехлами, образующими клюв. На концах пальцев имеются когти, а нижняя часть ног (пальцы, обычно цевка, а у некоторых и голень) покрыта роговыми щитками. Тело покрыто перьями, которые у подавляющего большинства видов располагаются не повсеместно, а лишь на некоторых участках - Птерилиях. На других участках – Аптериях – перьев вовсе или почти нет. Указанное расположение перьев, свойственное летающим птицам, имеет приспособительное значение, так как облегчает во время полета сокращение мышц, подвижность кожи и перемещение перьев на туловище, связанных с движением крыльев. Подобное же значение имеют аптерии и при движении задних конечностей и шеи.
Перья птиц различны по строению и функции. Снаружи тело покрыто контурными перьями, состоящими из полого стержня, к которому симметрично прикреплены две боковые пластинки - Опахала. Нижняя часть стержня, погруженная в кожу, носит название Очина, большая верхняя часть стержня, к которой прикреплены опахала, называется стволом. Опахало состоит из многочисленных длинных бородок первого порядка, на которых сидят бородки второго порядка. Последние снабжены очень мелкими крючочками, сцепляющими бородки второго порядка между собой. В итоге опахало представляет упругую эластичную пластинку.
Контурные перья являются основой оперения. Они предохраняют тело птиц от потери тепла и механических воздействий, образуют гребную лопасть крыла и рулевую плоскость хвоста. В зависимости от расположения контурные перья разделяются на группы. Так, длинные перья по заднему краю передней конечности, формирующие лопасть крыла, называются маховыми перьями, длинные перья хвоста – рулевыми, покрывающие верхнюю часть - верхними кроющими крыла, верхнюю часть хвоста – надхвостьем и т. д.
Под контурными перьями расположены мелкие пуховые перья. Стержень их тонок, бородок второго порядка нет, в связи с чем опахала не образуют сомкнутую пластинку. В ряде случаев стержень пухового пера настолько укорочен, что бородки отходят от вершины одним пучком. Такое перо называется собственно пухом. Пуховые перья и пух особенно сильно развиты у водоплавающих птиц и у наземных птиц, обитающих в холодных странах. Основная их роль - уменьшение теплоотдачи.
Среди пуха сидят еще нитевидные перья, представляющие пуховые перья без бородок. Наконец, в углах рта у многих птиц имеются щетинки. У насекомоядных видов, ловящих добычу в воздухе, они образуют при раскрытом клюве как бы воронку, увеличивающую вероятность поимки насекомых.
Развитие перьев указывает на их тесную генетическую связь с чешуями рептилий. Зачаток пера, как и зачаток роговой чешуи, представляет бугорок соединительнотканного слоя кожи, покрытый снаружи эпидермисом. По мере роста бугорок отклоняется назад, а основание его опускается вглубь кожи, образуя влагалище будущего пера и его сосочек, богатый кровью, через который происходит питание растущего пера. Эктодермальная часть зачатка, разрастаясь, дифференцируется на продольное утолщение - будущий стержень и два продольных киля этого утолщения, которые в последующем распадаются на бородки опахала. Весь зачаток снаружи покрыт тонким роговым чехликом, разрушающимся в последующем по мере формирования пера. После этого опахала освобождаются, и левая и правая его половинки раздвигаются в стороны.
Перья регулярно подвергаются смене. У многих птиц в году бывает не одна, а две или три линьки. В последнем случае меняется обычно не все оперение, а только определенные участки его. Многократная линька связана с наличием сезонного полиморфизма и брачным нарядом. Характер линьки у птиц различен. Хищные виды и насекомоядные, ловящие добычу в воздухе, линяют постепенно и не теряют способности к полету. Куриные, обитатели лесов и кустарниковых и травянистых зарослей, линяют более быстро. В это время они с трудом могут подняться в воздухе и держаться в укромных местах, затаиваясь при приближении опасности в чаще кустов или травы. Тетерева и глухари на короткий период вовсе теряют способность к полету. Очень своеобразно линяют утки, гуси, лебеди, чистики, поганки, гагары и большинство пастушковых. Маховые перья у них выпадают почти одновременно, и птицы на долгое время утрачивают возможность летать. Гуси, некоторые утки, лебеди в это время собираются в глухих, труднодоступных местах по берегам рек, озер, морей, концентрируясь здесь в огромном количестве, иногда по многу тысяч особей.
При линьке происходит не только смена оперения, у ряда видов меняется и его структура. Так, в летнем оперении чижа насчитывается примерно 1500 перьев, а в зимнем – 2100-2400. У одного из видов синиц летом 1100 перьев, а зимой - 1700. У белой куропатки длина контурных перьев на спине зимой равна в среднем 5,4 см, летом-3,8 см; пуховая часть их соответственно равна 1,8 и 1,4 см; побочный ствол – 3,7-2,5 см.