Филогенез
У млекопитающих закономерности строения и функции иммунокомпетентных структур определены их филогенезом. Следовательно, онтогенетические изменения органов иммунной системы являются конечным результатом филогенетических.
Определенные механизмы защиты от чужеродных веществ проявляются уже у одноклеточных организмов и остаются присущими всем живым существам. У беспозвоночных животных существует достаточно развитая система, которая сохраняет их от проникновения чужеродных агентов и образована специализированными клетками и гуморальными неспецифическими факторами защиты. Однако, первые сформированные иммунокомпетентные органы обнаруживаются у беспозвоночных животных.
Для круглоротых характерны лишь небольшие гемоиммунопоэтические узелки в области фаренгиальных мышц и в толще кишечной трубки.
У бесхвостых амфибий иммунная система получает дальнейшее развитие. С развитием костной системы у земноводных костные органы выполняют функцию универсального гемоиммунопоэза. Костная система наземных позвоночных приобретает еще один из важнейших структурных элементов - красный костный мозг. Костный мозг, как известно, в фило- и онтогенезе проходит три этапа развития: остеобластического (костеобразующего), красного (гемоиммунопоэтического) и желтого (жирового, способствующего повышению упругих свойств костного органа). В костных органах рыб формируется только остеобластический костный мозг. У земноводных, в условиях земного притяжения, остеобластический костный мозг трансформируется в красный. Только у птиц и млекопитающих в онтогенезе красный костный мозг превращается в желтый в онтогенезе. Переход позвоночных животных от ползания к ходьбе и бегу вызывает возрастающую необходимость в кислороде, что является одним из главных факторов, по мнению П. А. Коржуева, замещения остеобластического костного мозга красным. В конце красный костный мозг, как составная часть костного органа, выполняет функцию универсального гемоиммунопоэза.
У ползунов не возникают новые органы гемоиммунопоэза, а ранее образованные получают дальнейшее развитие. У данного класса животных обнаруживается хорошо развитый тимус, селезенка, скопления лимфоидной ткани, ассоциированной со слизистыми оболочками трубкообразных органов. Характерно, что только у птиц возникает клоакальная сумка, в которой образуются В-лимфоциты.
У млекопитающих иммунокомпетентные структуры достигают значительного развития за счет дифференциации и интеграции внутри самой иммунной системы. Вследствие этого образуется многозвенная иммунная система, объединяющая как целые органы и системы, так и клетки и ткани, их вспомогательные образования, обеспечивая жизнеспособность организма.