Філогенез
У ссавців закономірності будови та функції імунокомпетентних структур визначені їх філогенезом. Отже, онтогенетичні зміни органів імунної системи є кінцевим результатом філогенетичних.
Певні механізми захисту від чужорідних речовин проявляються вже в одноклітинних організмів і залишаються властивими всім живим істотам. У безхребетних тварин існує достатньо розвинена система, яка зберігає їх від проникнення чужорідних агентів і утворена спеціалізованими клітинами та гуморальними неспецифічними факторами захисту. Проте, перші сформовані імунокомпетентні органи виявляються у безхребетних тварин.
Для круглоротих характерні лише невеликі гемоімунопоетичні вузлики в ділянці фаренгіальних м’язів і в товщі кишкової трубки.
У безхвостих амфібій імунна система отримує подальший розвиток. З розвитком кісткової системи у земноводних кісткові органи виконують функцію універсального гемоімунопоезу. Кісткова система наземних хребетних придбає ще один із найважливіших структурних елементів – червоний кістковий мозок. Кістковий мозок, як відомо, у філо - і онтогенезі проходить три етапи розвитку: остеобластичного (кісткоутворювального), червоного (гемоімунопоетичного) і жовтого (жирового, що сприяє підвищенню пружних властивостей кісткового органа). У кісткових органах риб формується лише остеобластичний кістковий мозок. У земноводних, в умовах земного тяжіння, остеобластичний кістковий мозок трансформується в червоний. Лише у птахів і ссавців в онтогенезі червоний кістковий мозок перетворюється у жовтий. Перехід хребетних тварин від повзання до ходьби та бігу викликає зростаючу необхідність у кисні, що є одним із головних чинників, за думкою П. А. Коржуєва, заміщення остеобластичного кісткового мозку червоним. Наприкінці червоний кістковий мозок, як складова частина кісткового органа, виконує функцію універсального гемоімунопоезу.
У повзунів не виникають нові органи гемоімунопоезу, а раніше утворені отримують подальший розвиток. У даного класу тварин виявляється добре розвинений тимус, селезінка, скупчення лімфоїдної тканини, асоційованої із слизовими оболонками трубкоподібних органів. Характерно, що лише у птахів виникає клоакальна сумка, в якій утворюються В-лімфоцити.
У ссавців імунокомпетентні структури досягають значного розвитку за рахунок диференціації та інтеграції всередині самої імунної системи. Внаслідок цього утворюється багатоланкова імунна система, що об’єднує як цілі органи і системи, так і клітини та тканини, їх допоміжні утворення, забезпечуючи життєздатність організму.