Половые органы. Семенники представляют собой пару бобовидных тел, расположенных над верхней долей почек и подвешенных на брыжейке. Величина семенников меняется по временам года. К периоду размножения объем семенников у зяблика увеличивается в 1125 раз, у скворца – в 1500 раз.
К внутренним краям семенников присоединяются слабо выраженные придатки, гомологичные передним отделам туловищных почек эмбрионов. От придатков отходят семяпроводы, которые тянутся параллельно мочеточникам и впадают в клоаку. У некоторых видов семяпроводы перед впадением в клоаку образуют расширения – семенные пузыри, служащие в качестве резервуара для семени.
Копулятивные органы есть только у немногих видов. Функционирующий penis, представляющий выпячивание клоаки, есть у гусиных, тинаму и страусовых. У цапель, аистов, дроф он носит рудиментарный характер. У большинства птиц совокупительного члена нет и внутреннее оплодотворение достигается путем сближения отверстий клоак самца и самки, при котором самец извергает сперму.
Половая система самок, за очень немногими исключениями, резко асимметрично и состоит из левого яичника и левого яйцевода. Правый яичник развивается только иногда у дневных хищников, сов, гагар, попугаев, пастушков, куриных. Особенно часто правый яичник развивается у попугаев. Однако и развитый правый яичник функционирует весьма редко. Любопытно, что в большинстве случаев яйца, созревшие в правом яичнике, выводятся через левый яйцевод, так как наличие правого функционирующего яйцевода представляет исключительно редкое явление. Причина редукции правой половины половых органов у самок птиц заключается, видимо, в откладывание относительно очень крупных яиц с жесткой скорлупой, причем яйца двигаются по яйцеводу очень медленно (1-2 суток). Яичник представляет собой зернистое тело неправильной формы, лежащие впереди от левой почки. Величина яичника варьирует очень сильно в зависимости от зрелости, т. е. размеров формирующихся в нем яиц. Яйцевод имеет вид длинной трубки, один конец которой откладывается в клоаку, другой открывается воронкой в полость тела. Созревшее яйцо попадает из полости тела в воронку яйцевода и транспортируется по нему далее. Собственно яйцевод состоит из нескольких отделов. Первый отдел почти по всей длине (кроме самой верхней части) очень богат железами, выделяющими белок, который покрывает проходящее яйцо толстым слоем. В этом отделе яйцо у курицы находится 3-6 часов. В следующем, более тонком отделе яйцо покрывается двумя пергаментообразными белковыми подскорлуповыми оболочками. Далее следует так называемая матка- отдел, богатый железами, которые образуют известковую скорлупу яйца, окрашивающие ее пигменты и тонкую надскорлуповую оболочку. В матке яйцо бывает от 12-20 ч. Последний отдел яйцевода, так называемое влагалище, короток, обладает значительной мускулатурой; из него яйцо выходит в клоаку и далее наружу.
Весь период прохождения яйца по яйцеводу составляет у курицы около суток, у голубя - 41 час.