Основными симптомами поражения слизистой оболочки рта являются слюнотечение, расстройство жевания вследствие болезненности и понижение упитанности животного.

При катаральном стоматите слизистая гиперемирована и отечна. У лошадей слизистая в виде валика опускается сзади резцов. Нижний край валика может достигать уровня жевательной поверхности зацепов. Может быть отек языка, губ и щек. На спинке языка образуется бело-серый налет. Слизистая чувствительна к давлению. Животные пережевывают корм медленно и осторожно. Аппетит уменьшается. Имеется слюнотечение, особенно обильное у крупного рогатого скота. Появляется неприятный сладковатый запах. Незначительная лихорадка. При афтозном стоматите отмечается некроз слизистой, имеются тяжелые расстройства приема корма и жевания, повышение температуры. Возможно осложнение в виде пневмонии.