Осуществляют тремя способами: химическим, физическим и биологическим. При незначительном ее количестве в навозосборнике навозную жижу смешивают с сухой хлорной известью из расчета 50 кг хлорной извести на 1 м3 навоза при споровых инфекциях и 15-25 г хлорной извести на 1 м3 при неспоровых и вирусных инфекциях.

Из других дезсредств используют формальдегид, аммиачную воду, хлор. Формальдегид вносят в количестве 0,3% от объема навозной жижи (3 кг/м3) при экспозиции 72 ч. и активной гомогенизации в течение 6 ч. Аммиачную воду вносят в количестве 30 Л/м3, перемешивают всю массу и герметизируют емкость крышкой или полиетиленовой пленкой, экспозиция пять суток. Хлор из баллона используют после биологической очистки - 20-30 мг/л при неспоровой и 200 мг/л при споровой микрофлоре.

На Свинокомплексах применяют термический метод на пароструйных установках при температуре 110-120°С и давлении 2 атм. Микроорганизмы (в том числе и споры) в таком рЕЖиме погибают за 10 мин.

Для биологического обеззараживания навоза используют поля орошения, интенсивное окисление и термофильное сбраживание, выращивание на навозе пищевых дрожжей, микроорганизмов, которые используют как сырой протеин при кормлении скота, личинок комнатной мухи и т. д.

На крупных свинокомплексах, где накапливается значительное количество навоза, ее обеззараживают комплексно. Сначала навоз сепарируют на твердую и жидкую фракции. Твердый навоз обеззараживают, как описано ранее, а жидкая фракция поступает в аэротенки глубиной до 5 м с вертикальными роторными аэраторами. Органические вещества окисляются с помощью кислорода воздуха и активного ила, состоящего из различных видов низших микроорганизмов. Через двое суток жидкость поступает в другой Аэротанк еще на одни сутки, а затем в Пруды-накопители, где происходит окончательная доочистка навозной жижи. Перед выпуском очищенной воды в реку или в другую гидросистему ее хлорируют.