З живих бактеріальних препаратів широко використовують пропіоново-ацидофільні та ацидофільні культури, бактерін-СЛ. Дію такої групи препаратів уперше обґрунтував І. І. Мечников у 1909 р. Вона ґрунтується на заселенні шлунково-кишкового каналу тварин корисною мікрофлорою, яка антагоністично діє на інші бактерії. Це запобігає заселенню його патогенними бактеріями й виникненню дисбактеріозу. Крім того, організм одержує вітаміни, поліпшується травлення й моторика шлунково-кишкового каналу.

У господарствах бактеріальні препарати готують безпосередньо перед використанням. Бактеріальну масу вносять у кип'ячене незбиране молоко і ставлять у тепле місце. Після нагромадження достатньої кількості бактерій молоко перетворюється у кисле. Такі препарати застосовують із профілактичною й лікувальною метою. Можна використовувати суспензію препарату в перевареній воді.

З інактивованих бактеріальних препаратів використовують Коліпротектан, що являє собою екстракт із кишкової палички. Застосовують його з метою профілактики та лікування колібактеріозу телят і поросят. Препарат вводять перорально перед першим випоюванням молозива, а потім через 3 – 5 днів із кожною порцією корму.

Механізм дії коліпротектану полягає у виробленні специфічних захисних антитіл на слизових оболонках шлунково-кишкового каналу й прикріпленні частинок препарату до поверхні клітин так званої «кишкової кайми», що запобігає подальшому прикріпленню сюди патогенних штамів кишкової палички.